A Academia de Música de São João da Madeira foi fundada em Outubro de 1981. Sob a direção do Professor Augusto Pereira de Sousa, sedeou-se, inicialmente, na Escola Primária do Parque e, no ano seguinte, transferiu-se para aquela que é hoje a sua sede - antiga Escola Primária da Quintã na Rua Visconde.
Em 1986, foi constituída a Associação Cultural Alão de Morais no sentido de dar resposta às exigências de gestão, quer da Academia de Música quer do Instituto de Línguas Helena Nicolau e do Centro de Arte de São João da Madeira, que constituem os seus departamentos. Cada departamento rege-se por regulamento próprio, visando responder ao fim específico para o qual foi criado.
A Autorização Definitiva de funcionamento, com o número 2005, foi concedida a 20 de Julho de 1990, nos termos do nº 5 do Decreto‐Lei nº 553/80 de 21 de novembro.

A grande dinâmica pedagógica e a sua ação artística e cultural no concelho de S. João da Madeira, foi sempre uma preocupação das diferentes direções da Academia. Isso fez com que a escola crescesse e se implementasse como instituição cultural e pedagógica de incontornável valor no meio sanjoanense. Da sua ação artística e cultural, recordam-se eventos relevantes como o Concurso de Piano Florinda Santos, o Concurso G. Artes - Concurso de Guitarra - São João da Madeira, o Ciclo Musicatos, em parceria com a Câmara Municipal de São João da Madeira. Destacam-se ainda os inúmeros concertos no seu Auditório, cujo o nome homenageia Marília Rocha, personagem cultural de grande relevo.
Em 2012, em resultado de obras profundas é inaugurado o atual edifício que, aproveitando a fachada principal da antiga escola, foi amplamente remodelado para adaptar as instalações às exigências contemporâneas do ensino artístico especializado.
A ação da Academia e, em geral, a forte dinâmica das escolas do Ensino Artístico Especializado possibilitou o enquadramento legal que atribui a estas escolas o estatuto de Autonomia Pedagógica. A partir do ano letivo 2013/2014, a Academia de Música de S. João da Madeira passou assim a ter autonomia pedagógica, nos termos dos artigos 36º e 37º do Estatuto do Ensino Particular e Cooperativo.